داستان فیلم مامور مخفی درباره زنی به ریچل هست که مامور پیشین سازمان اطلاعات جاسوسی اسرائیل ( موساد ) در ایران بوده است که حالا دیگ فعالیتی در این سازمان ندارد. ماموریت ریچل در زمان حضور در ایران جاسوسی و جمع آوری اطلاعات مهم درباره برنامه هسته ای ایران از طریق نفوذ به شرکت ها در تهران بوده که باعث بروز اتفاقات مختلفی می شو
